DR har i et år fulgt det unge par Marc Backhausen og Sabrina Andersen fra Hvidovre, der bliver mistænkt for at være voldelige mod deres nyfødte tvillinger. Selv mener de, at tvillingerne lider af en sjælden sygdom. Det efterlader myndighederne med mange overvejelser og parret i deres livs kamp.

Den kamp bliver for alvor alvorlig, da tvillingernes blå mærker bliver en gåde for myndighederne.

Da Marc Backhausens og Sabrina Andersens tvillinger er få dage gamle, får de besøg af en sundhedsplejerske hjemme hos dem selv. Sabrina Andersen opdager, at en af tvillingerne har blå mærker. Derfra ruller sagen, og tvillingerne bliver indlagt.

Lægerne står tilbage uden en diagnose, der forklarer mærkerne, der kun bliver værre hos begge tvillinger.

Myndighederne begynder at mistænke Marc Backhausen og Sabrina Andersen for at lide af syndromet Münchausen by Proxy. En lidelse, der får forældre til at mishandle deres børn for selv at få opmærksomhed. En mistanke, forældrene afviser som det rene nonsens.

Dokumentaren 'Børnene med de blå mærker' følger familien i et år, hvor den komplicerede sag bliver til en fejde med familien på den ene side og myndighederne på den anden. I midten står de nyfødte tvillinger som kastebolde mellem systemet og familien.

En tidligere sag med fatale følger bliver hevet frem, ligesom eksperter forklarer kompleksiteten i sagen, der tynges af, at en nyfødt ikke kan tale sin sag.

Myndighederne står i et dilemma, for der er risiko for, at mistanken er forkert, og forældrene er uskyldige.

Flere sager fra England viser nemlig, at mistanken også kan være ubegrundet.

’Børnene med de blå mærker’ bliver vist på DR1 i dag, tirsdag, klokken 20.30. Umiddelbart efter programmet bringer bt.dk et interview med tvillingernes mor, Sabrina Andersen.